Vấn đề quản lý thuoc thu y, một lĩnh vực còn mới mẻ của ngành, qua hơn 10 năm hoạt động đã đạt được nhiều tiến bộ. Các văn bản hướng dẫn về quản lý sản xuất, kinh doanh, xuất nhập khẩu nhằm bảo đảm thuoc thu y đạt ba tiêu chí: chất lượng, an toàn và hiệu lực đã phục vụ đắc lực và kịp thời cho công tác phòng, chống dịch bệnh và bảo đảm ATVSTP. Đến nay, cả nước đã có hơn 100 nhà sản xuất thuoc thu y với hơn 5.000 sản phẩm, đáp ứng hơn 80% nhu cầu thuốc phòng trị bệnh gia súc, gia cầm và thủy sản, giải quyết công ăn việc làm cho hàng nghìn người lao động. Cả nước đã có chín doanh nghiệp được cấp chứng chỉ GMP trong sản xuất thuoc thu y, tiếp theo đó là hai doanh nghiệp đang xây dựng nhà máy mới cũng theo tiêu chuẩn này và sáu doanh nghiệp nữa cũng đang có nhu cầu cải tạo, nâng cấp cơ sở sản xuất theo GMP. Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001-2000 đã được áp dụng ở 18 nhà máy. Nhiều nhà máy đang phấn đấu đạt cả ba tiêu chí: GMP ( thực hành sản xuất tốt), GLP (thực hành kiểm nghiệm tốt), GSP (thực hành bảo quản tốt) đáp ứng yêu cầu hội nhập quốc tế. Ngoài ra, còn có gần 200 nhà sản xuất của 35 quốc gia đăng ký lưu hành gần 1.800 sản phẩm thuoc thu y tại Việt Nam. Mạng lưới kinh doanh thuoc thu y cũng phát triển rộng khắp trên 63 tỉnh, thành phố trong cả nước, đáp ứng kịp thời thuốc phòng trị bệnh động vật phục vụ chăn nuôi.